Sau khi đã chiếm lĩnh Sài Gòn, đô đốc Léonard Charner tuyên bố sáp nhập chính thức ba tỉnh Nam Kỳ của Việt Nam vào Đế quốc Pháp vào ngày 31/7/1861[4]. Sự kiện này đánh dấu khởi đầu thời kỳ thuộc địa của Pháp ở Đông Nam Á. Tiếp theo là sự thành lập của Đông Dương thuộc Pháp vào năm 1862, và thiết lập chế độ bảo hộ của Pháp trên đất Campuchia năm 1863 [5].

Ngay từ năm 1857 giới chức thuộc địa đã xem xét nghiêm túc về một sứ mệnh "vào vùng đất xa lạ phía bắc của vùng đồng bằng sông Mekong", họ cho rằng "chính phủ đánh giá thấp tầm quan trọng của một cuộc thám hiểm như vậy cho sự tồn tại của chính quyền thực dân Pháp" ở đây[6].

Ý tưởng thể hiện ở dạng lý tưởng hóa, chưa tập trung vào một tuyến đường thương mại mới, thay thế và chỉ do Pháp kiểm soát để đến Trung Quốc đã dựa trên quan niệm chung là một đế quốc rộng lớn với thị trường to lớn, là một nguồn tiềm năng cho một cơ hội thương mại lớn. Francis Garnier, người ủng hộ mạnh mẽ nhất cho việc thám hiểm, đã viết rằng "Trong thời gian dài cái nhìn của thuộc địa đã khô cứng và thiếu kiên nhẫn đối với vùng bên trong của Đông Dương vốn còn là bí ẩn lớn". Louis de Carné, thành viên trẻ tuổi nhất đoàn thám hiểm nói đến những điều chưa biết: "Sự không chắc chắn bắt đầu ngay trong vòng hai vĩ độ cách Sài Gòn. Sự thiếu chính xác trong sơ đồ dòng chảy con sông lớn, chỉ làm sai lệch địa lý học thay vì hỗ trợ nó."[7]

Một sự kiện trước đó, là năm 1837 sĩ quan quân đội Anh đại úy McLeod tại Myanmar đã thám hiểm sông Salween dọc theo biên giới với Thái Lan, được coi là dấu hiệu của sự cạnh tranh và tham vọng của Anh. Tuy nhiên chính quyền Trung Quốc từ chối cho phép đoàn thám hiểm đi qua lãnh thổ nước này, nên sứ mệnh của McLeod đã kết thúc sớm[8]. Mặc dù không thành công nhưng sự kiện này dấy lên lo ngại rằng người Anh giành chiến thắng cuộc đua và đóng kín cửa đối với người Pháp trong thương mại với Trung Quốc.[9][10]

Một số nhà sử học, như sử gia Hà Lan H.Th. Bussemaker đã lập luận rằng những chủ trương và hoạt động của thực dân Pháp trong khu vực này chỉ là những phản ứng cạnh tranh với người Anh để giành vị thế địa chiến lược và quyền bá chủ kinh tế. "Đối với người Anh, rõ ràng là người Pháp đã cố gắng để ngăn cản sự bành trướng của Anh ở Ấn Độ và Trung Quốc nhắm vào quyền lợi Pháp ở Đông Dương. Lý do cho sự bành trướng mạnh mẽ này là hy vọng rằng sông Mekong sẽ thể hiện được là con đường thủy dẫn đến biên giới Trung Quốc, mà sau đó sẽ mở cửa thị trường to lớn của Trung Quốc đối với hàng công nghiệp Pháp."[11]